Chương trình tư vấn do trung tâm ATEM triển khai gồm nhiều giai đoạn và chia nhiều bước nhỏ, giúp cho Ban Lãnh đạo cải tiến dần hệ thống quản trị nhưng hoạt động sản xuất kinh doanh vẫn tiến hành bình thường, không gián đoạn.Thậm chí, trong trường hợp ngoài ý muốn, Ban Lãnh đạo có thể tạm ngưng chương trình mà không làm cho hệ thống bị đình trệ. Tuỳ theo điều kiện và mức độ quyết tâm của Ban Lãnh đạo, công ty có thể lựa chọn: trong 1-2 năm trước mắt, công ty sẽ tái cơ cấu ở mức độ nào và tạm dừng chương trình ở giai đoạn nào.
Các bước chuyển đổi có quan hệ chặt chẽ với nhau, có chương trình phát huy tác dụng ngay sau khi hoàn thành, có chương trình cần thời gian thẩm thấu mới phát huy được. Tuy quan hệ lẫn nhau, mỗi chương trình nhỏ sẽ có sự độc lập tương đối để có thể dứt điểm và ứng dụng ngay. Nhóm tư vấn sẽ cố gắng thiết kế các chương trình đầu tiên theo hướng đơn giản, ít tốn kém nhưng mang lại hiệu quả nhanh.